Malattie febbrili: in caso di malattie febbrili la vaccinazione deve essere differita fino al completo ristabilimento dei soggetti da vaccinare.
Allergie: il vaccino è controindicato in caso di ipersensibilità accertata verso l'antibiotico contenuto nel vaccino (neomicina).
Stati immunitari alterati: alcuni stati morbosi o il trattamento con alcuni farmaci possono potenziare la moltiplicazione del virus attenuato adoperato per la vaccinazione; pertanto in caso di affezioni proliferative maligne dei tessuti linforeticolari (leucemia, linfosarcoma,mielomatosi, morbo di Hodgkin) o trattamento con immunodepressori o a- e ipo-gammaglobulinemia, la vaccinazione è controindicata.
Tubercolosi: la presenza di forme attive non trattate di tubercolosi rappresenta una controindicazione alla vaccinazione,anche se non esistono dati che dimostrano che il vaccino anti-morbilloso abbia un effetto esacerbante sulla infezione tubercolare. La vaccinazione anti-morbillosa può determinare una breve soppressione (circa 4 settimane) della reattività alla tubercolina,per cui se è necessario eseguire questa prova in coincidenza della vaccinazione anti-morbillosa, il test per la tubercolina può essere eseguito nello stesso giorno.
Gravidanza: la vaccinazione è controindicata in gravidanza. Questa precauzione è basata sul rischio teorico dell'infezione fetale, che potrebbe manifestarsi quando si usa un qualsiasi vaccino a virus vivo, in donne gravide o che risultino tali nei tre mesi seguenti la vaccinazione. Sebbene non siano riportati casi di infezioni fetali associati all'uso del vaccino anti-morbilloso, è consigliabile stabilire dei programmi di vaccinazione nella preadolescenza.