Per somministrazione acuta: DL50 nel topo per os 580 mg/kg; DL50 nel topo per via i.v. 73 mg/kg; DL50 nel ratto per os 1150 mg/kg; DL50 nel ratto per via i.v. 95 mg/kg. Per somministrazione prolungata il trattamento non influenza il normale accrescimento (ratto, coniglio), né la crasi ematica, né la funzione renale ed epatica. Nessuna influenza negativa sul normale sviluppo degli organi.
Gli studi di tossicità fetale per os hanno rilevato l'assenza di tossicità nell'animale. L'attività cancerogenetica è da escludersi, per l'assenza di analogie strutturali del miconazolo con sostanze di attività cancerogena conosciuta e per l'assenza di reperti specifici nelle prove di tossicità per somministrazione prolungata.
L'applicazione vaginale di miconazolo, sia per applicazione unica che ripetuta, non ha evidenziato fenomeni di sensibilizzazione. Per tali applicazioni non è stato possibile una DL50 .